He dado casi por casualidad con el que hasta ahora puedo definir como el mejor libro de MySQL que he encontrado. El libro se llama High Performance MySQL y trata temas avanzados, saltandose toda la parte básica de introducción. Pasa directamente a replicación, backup, optimización, etc…
Lo recomiendo a cualquier persona interesada en optimizar MySQL y aprender como funciona internamente.
Algunos links: